Z členstva SR v EU vyplýva pre MK SR potreba aktívneho zapojenia sa do rozhodovacích procesov v inštitúciách a orgánoch EÚ. Úspešné presadzovanie záujmov SR je podmienene efektívnym systémom koordinácie záležitostí EU na národnej úrovni. Z tohto dôvodu bol zavedený koordinačný mechanizmus, ktorý na rezortnej úrovni predstavujú rezortné koordinačné skupiny (RKS). Rezortná koordinačná skupina MK SR bola zriadená na základe uznesenia vlády SR č. 431 z 5. 6. 2003 k návrhu koordinácie rozhodovacieho procesu v záležitostiach EÚ a vzorových štatútov rezortných koordinačných fskupín a Komisie pre záležitosti EÚ a uznesenie vlády SR č. 1120 z 24. 11. 2004 k návrhu mechanizmu pri tvorbe stanovísk k legislatívnym návrhom EK v podmienkach SR.

Rezortná koordinačná skupina predstavuje prvú úroveň koordinácie rozhodovacieho procesu v záležitostiach Európskej únie, ktorá vplýva na prípravu pozície Slovenskej republiky vo všetkých etapách rozhodovacieho procesu. Úlohou RKS je posúdiť návrh Európskej komisie a orgánov EÚ a poukázať na dôsledky, ktoré predmetný návrh môže mať pre Slovensko. Schvaľuje „predbežné stanovisko“, ktorého zámerom je definovať ciele SR a určiť priority. Na základe predbežného stanoviska RKS MK SR priebežne vypracúva a schvaľuje pozície pre svojich expertov

Členmi RKS sú riaditelia vecných sekcií a samostatných odborov MK SR, prípadne poverení zástupcovia a zástupcovia Úradu vlády SR, Kancelárie NR SR a MZV SR.